W dniu 16 kwietnia 2012 roku w Bazylice Archikatedralnej Męczeństwa Świętego Jana Chrzciciela w Warszawie zainaugurowano kluczowy dla rozwoju Mazowsza projekt RPO WM pn. „Skarbiec Dziedzictwa Kultury - Bazylika Archikatedralna i Muzeum Archidiecezji Warszawskiej”. Na rozpoczęcie spotkania Metropolita Warszawski JE Kardynał Kazimierza Nycz udzielił zebranym błogosławieństwa, po którym wystąpił Chór Centrum Myśli Jana Pawła II pod batutą Zofii Borkowskiej. Następnie, Dziekan Staromiejski i Proboszcz Archikatedry Św. Jana Chrzciciela w Warszawie Ks. Bogdan Bartołd poprowadził konferencję prasową z udziałem przedstawicieli Warszawskiej Kurii Metropolitalnej zespołu wykonawczego inwestycji i przedstawicieli samorządu województwa mazowieckiego. Mariusz Frankowski, p.o. Dyrektora MJWPU przyjął od JE Kardynała Kazimierze Nycza serdeczne podziękowanie za wyraźne wsparcie i zaangażowanie, także dla całego Zarządu Województwa Mazowieckiego oraz pracowników MJWPU w uzyskanie przez Parafię Archikatedralną św. Jana Chrzciciela w Warszawie środków europejskich.
W ramach projektu Skarbiec Dziedzictwa Kultury - powstanie nowoczesny kompleks kulturalny obejmujący odrestaurowaną Archikatedrę Warszawską oraz przeniesione w nowe miejsce Muzeum Archidiecezji Warszawskiej. Muzeum, które obecnie mieści się przy ul. Solec 61, przeniesione zostanie do tzw. Pałacu Dziekana. Oba budynki (Pałac Dziekana i Archikatedra Warszawska) połączone są ze sobą za pomocą dwóch przejść – łącznikiem na wysokości I pietra oraz tzw. przejściem Piekarskiego, które komunikowało Zamek Królewski z lożą królewską w prezbiterium archikatedry. Pierwsze z przejść, w przyszłości, umożliwi stworzenie trasy turystycznej prowadzącej z Muzeum na strychy archikatedry, gdzie udostępnione zostaną eksponaty muzealne, drugie – pozwoli na komunikację bezpośrednio z przestrzenią katedry. Umieszczenie Muzeum w jednym kompleksie z Archikatedrą umożliwi mieszkańcom Warszawy i turystom równoczesne zwiedzanie świątyni i jej zabytków zgromadzonych w Muzeum. Będzie to też doskonałe miejsce do organizacji różnego typu koncertów, spotkań, sesji naukowych i lekcji muzealnych.
Planowane jest osuszenie murów Archikatedry – zlikwidowane zostanie zawilgocenie krypt, ścian zakrystii i nawy południowej kościoła. Przeprowadzona zostanie także konserwacja wszystkich elewacji budynku świątyni i dzwonnicy. Zmodernizowane zostaną wnętrza krypt w podziemiach, gdzie znajdują się prochy znanych Polaków: Stanisława Augusta Poniatowskiego, Ignacego Jana Paderewskiego czy Henryka Sienkiewicza.
We wnętrzu budynku wymienione zostaną instalacje elektryczne, oświetleniowe, nagłośnieniowe i grzewcze. Zastosowane zostanie specjalne, oszczędne ogrzewanie konserwatorskie, które będzie bezpieczne dla zebranych w świątyni zabytków. Nawy kościoła oraz eksponaty otrzymają nowe oświetlenie, dzięki któremu będą bardziej widoczne i atrakcyjne dla zwiedzających. Archikatedra zyska także nowy system alarmowy i przeciwpożarowy.
Projekt obejmuje także zaadaptowanie tzw. Pałacu Dziekana na Muzeum Archidiecezji Warszawskiej. Dzięki przeniesieniu Muzeum w nowe miejsce turyści będą mogli równocześnie zwiedzać Archikatedrę oraz Muzeum. W kolejnym etapie projekt zakłada utworzenie nowoczesnych, multimedialnych sal ekspozycyjnych, odpowiednio wentylowanych i klimatyzowanych. Budynek będzie przystosowany dla potrzeb osób niepełnosprawnych. Specjalnie w tym celu zaprojektowana została przeszklona, panoramiczna winda.
Wartość projektu to ponad 20,9 mln zł, z czego unijne dofinansowanie wyniesie ponad 17,7 mln zł. Projekt znajduje się na liście projektów kluczowych i jest współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Mazowieckiego 2007 – 2013.